Analisis Perbandingan Kualitas dan Kuantitas DNA Hasil Ekstraksi Dengan Dua Metode Yang Berbeda
Kata Kunci:
Analisis kuantitatif DNA, Analisis kualitatif DNA, Metode Nonorganik, Metode penyerapan membran silika kolumAbstrak
Latar belakang: Terdapat berbagai metode isolasi/ekstraksi DNA pada darah total yang bisa digunakan termasuk metode nonorganik dan metode penyerapan (membran silika gel). Tujuan: Penelitian ini bertujuan membandingkan DNA hasil isolasi dari darah total manusia dengan metode nonganik dan penyerapan dengan membran silika gel dari Promega kit dan Zymo Research bertutur-turut melalui analisis kuantitatif dan kualitatif. Metode: Penelitian ini menggunakan 12 sampel darah total manusia yang disimpan dalam vakutainer K3EDTA dan lemari pendingin -800C. Kit yang digunakan untuk isolasi DNA menggunakan metode norganik adalah Wizard® Genomic DNA Purification Kit dari Promega (nomer katalog A1120) sebagai Kit 1. Kit yang digunakan untuk isolasi DNA metode penyerapan membran silika gel adalah Quick-DNATM Miniprep Plus Kit dari Zymo Research (nomer katalog D4069) sebagi kit 2. Analisis kualitatif (konsistensi DNA) menggunakan deskripsi observasi hasil gel elektroforesis 2%. Analisis kuantitatif menggunakan spektrofotometer pada λ260 dan 280 nm untuk mengukur konsentrasi DNA dan kemurniannya. Hasil: Hasil penelitian menunjukkan bahwa konsentrasi terendah dan tertinggi ditemukan di DNA hasil ekstraksi kit 1 (3 dan 328,6 μg/l, walaupun demikian nilai rata-rata tingkat kemurniannya lebih rendah daripada kit 2 (1,7 dibandingkan 1,8183). Terdapat perbedaan signifikan rata-rata kemurnian DNA yang dihasilkan dari kit 1 dengan kit 2 (nilai p = 0,027 < 0,05). Tidak terdapat perbedaan rata-rata yang signifikan dari konsentrasi DNA yang dihasilkan dari kedua kit (nilai p = 0,301 > 0,05). Visualisasi DNA dengan elektroforesis gel menunjukkan konsistensi DNA yang dihasilkan adalah utuh dan tidak terfragmentasi. Kesimpulan: Pemilihan ekstraksi DNA yang tidak dibatasi oleh biaya, waktu dan tenaga maka metode penyerapan dengan membran silika gel lebih disarankan untuk mendapatkan DNA yang berkualitas dalam jumlah yang cukup untuk analisis berikutnya.
Unduhan
Referensi
Alonso, A. (2013). DNA Extraction and Quantification in Encyclopedia of Forensic Sciences, Second Edition, Academic Press: 214-218.
Castella, V., Dimo-Simonin, N., Brandt-Casadevall, C. dan Mangin P. (2006). Forensic evaluation of the QIAshredder/QIAamp DNA extraction procedure. Forensic Sci. Int. 156: 70-73.
da Silva, R. C., de Lima, S. C., Reis, W. P. M. S., de Magalhães, J. J. F., de Oliveira-Magalhães, R. N., Rathi, B., Kohl, A., Bezerra, M. A. C., Pena, L. (2023). Comparison of DNA extraction methods for COVID-19 host genetics studies. Plos One. 18(10):1-14.
Gupta, N. (2019). DNA Extraction and Polymerase Chain Reaction. J lCyto. 36(2):116-117.
Heikrujam, J., Kishor, R., & Behari Mazumder, P. (2020). The Chemistry Behind Plant DNA Isolation Protocols. IntechOpen.
Schmitz, T. C., Dede-Eren, A., Spierings, J., de Boer, J., Ito, K., Foolen, J. (2021). Solid‐phase silica‐based extraction leads to underestimation of residual DNA in decellularized tissues. Xenotransplantation 28(1): 1-7.
